杭州市环境保护科学研究设计有限公司成立于2005年，原为杭州市环保系统下属单位。2016年4月，根据全国环保系统环评机构脱钩工作要求，公司整体划转至杭州市城投集团。2021年9月，公司成建制划入杭州市水务集团。
公司主营业务包括场地调查评估、环境影响评价、生态环境规划及其他环保技术咨询服务。公司下设环评咨询部（调查评估部）、规划发展部和综合市场部，拥有一支三十余人的生态环境领域专业技术团队。2021年6月，公司与浙江工业大学成立了环境修复联合研发中心。
公司现为浙江省环境科学学会理事单位、浙江省环境影响评价及监理行业协会理事单位、浙江省环保产业协会会员单位、杭州市环保产业协会副会长单位、浙江省重点行业企业用地土壤污染状况调查专业机构推荐单位，2018-2021年度浙江省污染地块调查评估和治理修复从业优秀单位（调查评估类和效果评估类），2019年度浙江省环境影响评价机构信用等级A（信用优秀）。